W czasach PRL związany z wywiadem, kontrwywiadem oraz MSW. Uważany za jednego z najbardziej wpływowych ludzi w państwie i odpowiedzialny za masakry w okresie stanu wojennego. 

 

Podczas stanu wojennego chciał przejąć struktury Solidarności. Mówił wtedy: "Nie wolno w żadnym razie popełnić […] tych błędów, które były popełniane w przeszłości w stosunku do różnych masowych organizacji i ruchów społecznych”. Prztgotowano, odwołany w ostatniej chwili przewrót we władzach "S". 

 

Po zakończeniu stanu wojennego zaangażowany na rzecz dialogu z opozycją, był m.in. gospodarzem rozmów w Magdalence. W licznych procesach za zbrodnie po 1989 roku nigdy nie dostał prawomocnego wyroku skazującego. Część składów orzekających mówił jednak o jego pośredniej winie oraz odpowiedzialności.

 

Dopiero w procesie dot. autorów stanu wojennego sąd wymierzył mu karę 2 lat więzienia w zawieszeniu za udział w "zorganizowanym związku przestępczym o charakterze zbrojnym", który - według IPN - przygotowywał stan wojenny (groziło mu do 8 lat więzienia). Wyrok, po apelacji, został utrzymany. Uważano również, że Kiszczak był współtwórcą i mózgiem operacji zabicia księdza Popiełuszki.